curatedMetagenomicData curation report

Abstract

This vignette checks every file under inst/curated that ends in _metadata.tsv against the template file inst/extdata/template.csv, and shows problems found. Two types of errors can appear: 1) A “column name error” means a column name is not found at all in template.csv. 2) An “entry error” means at least one value in a column does not match the rules defined for that column. This script will list the illegal values next to the row name they were found in. Entries are checked against the following rules: a) uniqueness - if “non-unique”, then duplicate are allowed in the column, if “unique”, then each duplicated value is an error and will be listed. b) requiredness - if “optional” then NA values are allowed, if “required” then any NA value is an error. c) multiplevalues - if TRUE, then multiple semicolon-separated are allowed in a single cell, if FALSE, no semicolon is allowed. d) allowedvalues is a regular expression definining legal values. These are assumed to be POSIX 1003.2 extended regular expressions (see ?grep). Finally, the template file contains a free-form “description” field explaining what that column should contain, sometimes including units of measurement. The source repository for this document is https://github.com/waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration.

This vignette was built on 2023-02-11 10:09:59 based on curatedMetagenomicDataCuration version 0.99.7.

Define base GitHub URLs for viewing / editing in place:

baseurl <- "https://github.com/waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration"
viewurl0 <- paste0(baseurl, "/tree/master/inst")
editurl0 <- paste0(baseurl, "/edit/master/inst")

If firstonly <- TRUE, only show results from the first dataset. This can be used as a temporary measure to shorten the output when troubleshooting the syntax-checking system itself.

firstonly <- FALSE

AsnicarF_2017_metadata.tsv

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All checks OK.

AsnicarF_2021_metadata.tsv

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All checks OK.

BackhedF_2015_metadata.tsv

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All checks OK.

BedarfJR_2017_metadata.tsv

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All checks OK.

Bengtsson-PalmeJ_2015_metadata.tsv

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All checks OK.

BritoIL_2016_metadata.tsv

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All checks OK.

BrooksB_2017_metadata.tsv

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All checks OK.

Castro-NallarE_2015_metadata.tsv

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All checks OK.

ChengpingW_2017_metadata.tsv

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All checks OK.

ChngKR_2016_metadata.tsv

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All checks OK.

ChuDM_2017_metadata.tsv

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All checks OK.

ContevilleLC_2019_metadata.tsv

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All checks OK.

CosteaPI_2017_metadata.tsv

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All checks OK.

DavidLA_2015_metadata.tsv

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All checks OK.

DeFilippisF_2019_metadata.tsv

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All checks OK.

DhakanDB_2019_metadata.tsv

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All checks OK.

FengQ_2015_metadata.tsv

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All checks OK.

FerrettiP_2018_metadata.tsv

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All checks OK.

FrankelAE_2017_metadata.tsv

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Column name errors

• “change_in_tumor_size” is not defined in the template.

GhensiP_2019_metadata.tsv

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All checks OK.

GopalakrishnanV_2018_metadata.tsv

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All checks OK.

GuptaA_2019_metadata.tsv

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All checks OK.

HallAB_2017_metadata.tsv

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All checks OK.

HanniganGD_2017_metadata.tsv

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All checks OK.

HansenLBS_2018_metadata.tsv

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All checks OK.

Heitz-BuschartA_2016_metadata.tsv

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All checks OK.

HeQ_2017_metadata.tsv

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All checks OK.

HMP_2012_metadata.tsv

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All checks OK.

HMP_2019_ibdmdb_metadata.tsv

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All checks OK.

HMP_2019_t2d_metadata.tsv

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All checks OK.

IaniroG_2022_metadata.tsv

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Required columns that are missing

sequencing_platform

Column name errors

• “FMT_role” is not defined in the template.

• “fmt_id” is not defined in the template.

Entry errors

subject_id

Template definition

• col.class: character
  
• uniqueness: non-unique
  
• requiredness: required
  
• multiplevalues: FALSE
  
• allowedvalues: [0-9a-zA-Z]+

Errors

149 . : “UNIVERSAL DONOR”
151 . : “UNIVERSAL DONOR”
152 . : “UNIVERSAL DONOR”
153 . : “UNIVERSAL DONOR”

study_condition

Template definition

• col.class: character
  
• uniqueness: non-unique
  
• requiredness: optional
  
• multiplevalues: FALSE
  
• allowedvalues: control|abdominalhernia|acute_diarrhoea|ACVD|AD|adenoma|AR|arthritis|AS|ascites|asthma|BD|bronchitis|CAD|carcinoma_surgery_history|CDI|cellulitis|cephalosporins|chorioamnionitis|cirrhosis|CMV|coeliac|cough|CRC|cystitis|fatty_liver|fever|FMT|gangrene|generic_diabetes|gestational_diabetes|HF|hypertension|IBD|IGT|infectiousgastroenteritis|ME/CFS|melanoma|metabolic_syndrome|migraine|MS|mucositis|NK|osteoarthritis|otitis|PD|peri-implantitis|periodontitis|pneumonia|pre-eclampsia|pre-hypertension|premature_born|psoriasis|pyelonefritis|pyelonephritis|RA|respiratoryinf|salmonellosis|schizophrenia|sepsis|skininf|SRP|STEC|STH|stomatitis|suspinf|T1D|T2D|tonsillitis|wilson

Errors

1 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
2 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
3 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
4 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
5 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
6 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
7 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
34 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
35 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
36 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
37 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
38 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
39 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
40 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
41 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
42 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
96 . : “donor”
98 . : “donor”
104 . : “donor”
143 . : “MDRB”
145 . : “MDRB”
148 . : “donor”
149 . : “donor”
150 . : “donor”
151 . : “donor”
152 . : “donor”
153 . : “donor”
156 . : “MDRB”
160 . : “MDRB”
164 . : “MDRB”

disease

Template definition

• col.class: character
  
• uniqueness: non-unique
  
• requiredness: optional
  
• multiplevalues: TRUE
  
• allowedvalues: healthy|abdominalhernia|acute_diarrhoea|ACVD|AD|adenoma|AR|arthritis|ascites|asthma|BD|bronchitis|CAD|carcinoma_surgery_history|CDI|cellulitis|chorioamnionitis|cirrhosis|CMV|coeliac|cough|CRC|cystitis|fatty_liver|fever|few_polyps|gangrene|generic_diabetes|gestational_diabetes|hepatitis|HF|hypercholesterolemia|hypertension|IBD|IGT|infectiousgastroenteritis|ME/CFS|melanoma|metabolic_syndrome|metastases|migraine|MS|mucositis|NK|osteoarthritis|otitis|PD|peri-implantitis|periodontitis|pneumonia|pre-eclampsia|premature_born|psoriasis|pyelonefritis|pyelonephritis|RA|respiratoryinf|salmonellosis|schizophrenia|sepsis|skininf|STEC|STH|stomatitis|suspinf|T1D|T2D|tonsillitis|uveitis|VKH|wilson

Errors

1 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
2 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
3 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
4 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
5 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
6 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
7 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
8 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
9 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
10 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
11 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
12 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
13 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
14 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
15 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
16 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
17 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
18 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
19 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
20 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
21 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
22 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
23 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
24 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
25 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
26 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
27 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
28 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
29 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
30 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
31 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
32 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
33 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
34 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
35 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
36 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
37 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
38 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
39 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
40 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
41 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
42 . : “TKI_dependent_diarrhoea”
143 . : “MDRB”
144 . : “MDRB”
145 . : “MDRB”
146 . : “MDRB”
147 . : “MDRB”
156 . : “MDRB”
157 . : “MDRB”
160 . : “MDRB”
161 . : “MDRB”
164 . : “MDRB”
165 . : “MDRB”

IjazUZ_2017_metadata.tsv

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Entry errors

disease_location

Template definition

• col.class: character
  
• uniqueness: non-unique
  
• requiredness: optional
  
• multiplevalues: TRUE
  
• allowedvalues: right_sided|left_sided|transverse|sigmoid_colon|colon|rectum

Errors

1 . : “L3”
2 . : “L3”
3 . : “L3”
12 . : “L3L4”
17 . : “L3L4”
18 . : “L3L4”
19 . : “L3L4”
20 . : “L3L4”
21 . : “L3L4”
22 . : “L3L4”
30 . : “L3L4”
39 . : “L3L4”
40 . : “L3L4”
42 . : “L3L4”
44 . : “L3L4”
45 . : “L3L4”
46 . : “L3L4”
47 . : “L3L4”
48 . : “L3L4”
49 . : “L3L4”
50 . : “L2”
51 . : “L2”
52 . : “L2”
53 . : “L2”
54 . : “L2”
55 . : “L3L4”
57 . : “L3”
58 . : “L3”
59 . : “L3”
60 . : “L3”
61 . : “L3”
62 . : “L3L4”
64 . : “L3L4”
65 . : “L3L4”
66 . : “L3L4”
67 . : “L3L4”
68 . : “L3L4”
69 . : “L3L4”
70 . : “L3L4”
71 . : “L3L4”
72 . : “L3L4”
74 . : “L3L4”
75 . : “L2L4”
76 . : “L2L4”
77 . : “L2L4”
78 . : “L2L4”
79 . : “L2L4”
81 . : “L2L4”
82 . : “L2L4”
84 . : “L2L4”
85 . : “L2L4”
89 . : “L2L4”
90 . : “L2L4”
91 . : “L2L4”
92 . : “L2L4”
93 . : “L2L4”

treatment

Template definition

• col.class: character
  
• uniqueness: non-unique
  
• requiredness: optional
  
• multiplevalues: TRUE
  
• allowedvalues: no|antihta|5-ASA|acarbose|albendazole|amiodaron|antacids|anthelmintics|antiandrogens|antidiab|antihypertension|antilipid|antineoplastics|asa|aspirin|at2_inhib|aza|beta_blockers|ca2_cbl|clopidogrel|CTLA4|ctrblock|cumarine|diuranse|EEN|folate|forceval|glp_1|H2RA|insulin|ipilumumab|iron|kspdiur|lactulose|lantus|laxatives|metformin|methotrexate|modulen_suppl|nivolumab|novorapid|NSAID|opioids|PD1|pembrolizumab|PPI|probiotic|psychotropics|sitagliptin|solostar|statin|statins|steroids|su|sulphonylurea|thiazidique|urinaryalkalinizer|xantoxinh

Errors

73 . : “Lactulose”

JieZ_2017_metadata.tsv

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All checks OK.

KarlssonFH_2013_metadata.tsv

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All checks OK.

KartalE_2022_metadata.tsv

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Entry errors

study_condition

Template definition

• col.class: character
  
• uniqueness: non-unique
  
• requiredness: optional
  
• multiplevalues: FALSE
  
• allowedvalues: control|abdominalhernia|acute_diarrhoea|ACVD|AD|adenoma|AR|arthritis|AS|ascites|asthma|BD|bronchitis|CAD|carcinoma_surgery_history|CDI|cellulitis|cephalosporins|chorioamnionitis|cirrhosis|CMV|coeliac|cough|CRC|cystitis|fatty_liver|fever|FMT|gangrene|generic_diabetes|gestational_diabetes|HF|hypertension|IBD|IGT|infectiousgastroenteritis|ME/CFS|melanoma|metabolic_syndrome|migraine|MS|mucositis|NK|osteoarthritis|otitis|PD|peri-implantitis|periodontitis|pneumonia|pre-eclampsia|pre-hypertension|premature_born|psoriasis|pyelonefritis|pyelonephritis|RA|respiratoryinf|salmonellosis|schizophrenia|sepsis|skininf|SRP|STEC|STH|stomatitis|suspinf|T1D|T2D|tonsillitis|wilson

Errors

4 . : “pancreatitis”
5 . : “pancreatitis”
6 . : “pancreatitis”
7 . : “pancreatitis”
8 . : “pancreatitis”
9 . : “pancreatitis”
10 . : “pancreatitis”
11 . : “pancreatitis”
12 . : “pancreatitis”
13 . : “pancreatitis”
14 . : “pancreatitis”
116 . : “pancreatitis”
117 . : “pancreatitis”
118 . : “pancreatitis”
119 . : “pancreatitis”
122 . : “PDAC”
123 . : “PDAC”
124 . : “PDAC”
125 . : “PDAC”
126 . : “PDAC”
127 . : “PDAC”
128 . : “PDAC”
129 . : “PDAC”
130 . : “PDAC”
131 . : “PDAC”
132 . : “PDAC”
133 . : “PDAC”
134 . : “PDAC”
135 . : “PDAC”
136 . : “PDAC”
137 . : “PDAC”
138 . : “PDAC”
139 . : “PDAC”
140 . : “PDAC”
141 . : “PDAC”
142 . : “PDAC”
143 . : “PDAC”
144 . : “PDAC”
145 . : “PDAC”
146 . : “PDAC”
147 . : “PDAC”
148 . : “PDAC”
149 . : “PDAC”
150 . : “PDAC”
151 . : “PDAC”
152 . : “PDAC”
153 . : “PDAC”
154 . : “PDAC”
155 . : “PDAC”
156 . : “PDAC”
157 . : “PDAC”
158 . : “PDAC”
159 . : “PDAC”
160 . : “PDAC”
161 . : “PDAC”
162 . : “PDAC”
163 . : “PDAC”
164 . : “PDAC”
165 . : “PDAC”
166 . : “PDAC”
167 . : “PDAC”
168 . : “PDAC”
169 . : “PDAC”
170 . : “PDAC”
171 . : “PDAC”
172 . : “PDAC”
173 . : “PDAC”
174 . : “PDAC”
175 . : “PDAC”
176 . : “PDAC”
177 . : “PDAC”
178 . : “PDAC”
179 . : “PDAC”
180 . : “PDAC”
181 . : “PDAC”
182 . : “PDAC”
183 . : “PDAC”
184 . : “PDAC”
185 . : “PDAC”
186 . : “PDAC”
187 . : “PDAC”
188 . : “PDAC”
189 . : “PDAC”
190 . : “PDAC”
191 . : “PDAC”
192 . : “PDAC”
193 . : “PDAC”
194 . : “PDAC”
195 . : “PDAC”
196 . : “PDAC”
197 . : “PDAC”
198 . : “PDAC”
199 . : “PDAC”
200 . : “PDAC”
201 . : “PDAC”
202 . : “PDAC”
203 . : “PDAC”
204 . : “PDAC”
205 . : “PDAC”
206 . : “PDAC”
207 . : “PDAC”
208 . : “PDAC”
209 . : “PDAC”
210 . : “PDAC”
211 . : “PDAC”
212 . : “PDAC”
213 . : “PDAC”
214 . : “PDAC”
215 . : “PDAC”
216 . : “PDAC”
217 . : “PDAC”
218 . : “PDAC”
219 . : “PDAC”
220 . : “PDAC”
221 . : “PDAC”
222 . : “PDAC”
223 . : “PDAC”
224 . : “PDAC”
225 . : “PDAC”
226 . : “PDAC”
227 . : “PDAC”
228 . : “PDAC”
229 . : “PDAC”
230 . : “PDAC”
231 . : “PDAC”
232 . : “PDAC”
233 . : “PDAC”
234 . : “PDAC”
235 . : “PDAC”
236 . : “PDAC”
237 . : “PDAC”
238 . : “PDAC”
239 . : “PDAC”
240 . : “PDAC”
241 . : “PDAC”
242 . : “PDAC”
243 . : “PDAC”
244 . : “PDAC”
245 . : “PDAC”
246 . : “PDAC”
247 . : “PDAC”
248 . : “PDAC”
249 . : “PDAC”
250 . : “PDAC”
251 . : “PDAC”
252 . : “PDAC”
253 . : “PDAC”
254 . : “PDAC”
255 . : “PDAC”
256 . : “PDAC”
257 . : “PDAC”
258 . : “PDAC”
259 . : “PDAC”
260 . : “PDAC”
261 . : “PDAC”
262 . : “PDAC”
263 . : “PDAC”
264 . : “PDAC”
265 . : “PDAC”
266 . : “PDAC”
267 . : “PDAC”
268 . : “PDAC”
269 . : “PDAC”
270 . : “PDAC”
271 . : “PDAC”
272 . : “PDAC”
273 . : “PDAC”
274 . : “PDAC”
275 . : “PDAC”
291 . : “pancreatitis”
292 . : “pancreatitis”
293 . : “pancreatitis”
294 . : “pancreatitis”
299 . : “pancreatitis”
300 . : “pancreatitis”
301 . : “pancreatitis”
302 . : “pancreatitis”
303 . : “pancreatitis”
304 . : “pancreatitis”
305 . : “pancreatitis”
306 . : “pancreatitis”
307 . : “pancreatitis”
308 . : “pancreatitis”
309 . : “pancreatitis”
310 . : “pancreatitis”
311 . : “pancreatitis”
312 . : “pancreatitis”
313 . : “pancreatitis”
314 . : “pancreatitis”
315 . : “pancreatitis”
322 . : “pancreatitis”
323 . : “pancreatitis”
324 . : “pancreatitis”
325 . : “pancreatitis”
326 . : “pancreatitis”
327 . : “pancreatitis”

disease

Template definition

• col.class: character
  
• uniqueness: non-unique
  
• requiredness: optional
  
• multiplevalues: TRUE
  
• allowedvalues: healthy|abdominalhernia|acute_diarrhoea|ACVD|AD|adenoma|AR|arthritis|ascites|asthma|BD|bronchitis|CAD|carcinoma_surgery_history|CDI|cellulitis|chorioamnionitis|cirrhosis|CMV|coeliac|cough|CRC|cystitis|fatty_liver|fever|few_polyps|gangrene|generic_diabetes|gestational_diabetes|hepatitis|HF|hypercholesterolemia|hypertension|IBD|IGT|infectiousgastroenteritis|ME/CFS|melanoma|metabolic_syndrome|metastases|migraine|MS|mucositis|NK|osteoarthritis|otitis|PD|peri-implantitis|periodontitis|pneumonia|pre-eclampsia|premature_born|psoriasis|pyelonefritis|pyelonephritis|RA|respiratoryinf|salmonellosis|schizophrenia|sepsis|skininf|STEC|STH|stomatitis|suspinf|T1D|T2D|tonsillitis|uveitis|VKH|wilson

Errors

1 . : “acute_pancreatitis”
2 . : “acute_pancreatitis”
4 . : “chronic_pancreatitis”
5 . : “chronic_pancreatitis”
6 . : “chronic_pancreatitis”
7 . : “chronic_pancreatitis”
8 . : “chronic_pancreatitis”
9 . : “chronic_pancreatitis”
10 . : “chronic_pancreatitis”
12 . : “chronic_pancreatitis”
13 . : “chronic_pancreatitis”
14 . : “chronic_pancreatitis”
98 . : “obese”
99 . : “obese”
100 . : “obese”
101 . : “obese”
102 . : “obese”
103 . : “obese”
104 . : “obese”
105 . : “obese”
106 . : “obese”
107 . : “obese”
108 . : “obese”
109 . : “obese”
110 . : “obese”
111 . : “obese”
112 . : “obese”
116 . : “obese;chronic_pancreatitis”
117 . : “obese;chronic_pancreatitis”
118 . : “obese;chronic_pancreatitis”
119 . : “obese;chronic_pancreatitis”
120 . : “obese”
121 . : “obese”

treatment

Template definition

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1812 . : “NA”
1813 . : “NA”
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NagataN_2022_metadata.tsv

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Entry errors

study_condition

Template definition

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Errors

471 . : “PDAC”
472 . : “PDAC”
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474 . : “PDAC”
475 . : “PDAC”
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498 . : “PDAC”
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509 . : “PDAC”
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560 . : “PDAC”

NagySzakalD_2017_metadata.tsv

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Obregon-TitoAJ_2015_metadata.tsv

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OhJ_2014_metadata.tsv

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PernigoniN_2021_metadata.tsv

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Entry errors

study_condition

Template definition

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Errors

1 . : “PC”
2 . : “PC”
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5 . : “PC”
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31 . : “PC”
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disease

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Errors

1 . : “PC”
2 . : “PC”
4 . : “PC”
13 . : “PC”
15 . : “PC”
18 . : “PC”
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disease_subtype

Template definition

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Errors

1 . : “HSPC”
2 . : “HSPC”
3 . : “HSPC”
4 . : “HSPC”
5 . : “HSPC”
6 . : “HSPC”
7 . : “HSPC”
8 . : “HSPC”
9 . : “HSPC”
10 . : “HSPC”
11 . : “HSPC”
12 . : “HSPC”
13 . : “HSPC”
14 . : “HSPC”
15 . : “HSPC”
16 . : “HSPC”
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20 . : “CRPC”
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32 . : “CRPC”
33 . : “CRPC”
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35 . : “CRPC”
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39 . : “CRPC”
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44 . : “CRPC”
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53 . : “CRPC”
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56 . : “CRPC”
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country

Template definition

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Errors

3 . : “CHE”
4 . : “CHE”
5 . : “CHE”
6 . : “CHE”
7 . : “CHE”
8 . : “CHE”
9 . : “CHE”
10 . : “CHE”
11 . : “CHE”
12 . : “CHE”
13 . : “CHE”
14 . : “CHE”
15 . : “CHE”
16 . : “CHE”
17 . : “CHE”
18 . : “CHE”
19 . : “CHE”
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67 . : “CHE”
68 . : “CHE”
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73 . : “CHE”
74 . : “CHE”

DNA_extraction_kit

Template definition

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Errors

1 . : “QIAamp_fast”
2 . : “QIAamp_fast”
3 . : “QIAamp_fast”
4 . : “QIAamp_fast”
5 . : “QIAamp_fast”
6 . : “QIAamp_fast”
7 . : “QIAamp_fast”
8 . : “QIAamp_fast”
9 . : “QIAamp_fast”
10 . : “QIAamp_fast”
11 . : “QIAamp_fast”
12 . : “QIAamp_fast”
13 . : “QIAamp_fast”
14 . : “QIAamp_fast”
15 . : “QIAamp_fast”
16 . : “QIAamp_fast”
17 . : “QIAamp_fast”
18 . : “QIAamp_fast”
19 . : “QIAamp_fast”
20 . : “QIAamp_fast”
21 . : “QIAamp_fast”
22 . : “QIAamp_fast”
23 . : “QIAamp_fast”
24 . : “QIAamp_fast”
25 . : “QIAamp_fast”
26 . : “QIAamp_fast”
27 . : “QIAamp_fast”
28 . : “QIAamp_fast”
29 . : “QIAamp_fast”
30 . : “QIAamp_fast”
31 . : “QIAamp_fast”
32 . : “QIAamp_fast”
33 . : “QIAamp_fast”
34 . : “QIAamp_fast”
35 . : “QIAamp_fast”
36 . : “QIAamp_fast”
37 . : “QIAamp_fast”
38 . : “QIAamp_fast”
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40 . : “QIAamp_fast”
41 . : “QIAamp_fast”
42 . : “QIAamp_fast”
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44 . : “QIAamp_fast”
45 . : “QIAamp_fast”
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48 . : “QIAamp_fast”
49 . : “QIAamp_fast”
50 . : “QIAamp_fast”
51 . : “QIAamp_fast”
52 . : “QIAamp_fast”
53 . : “QIAamp_fast”
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55 . : “QIAamp_fast”
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57 . : “QIAamp_fast”
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61 . : “QIAamp_fast”
62 . : “QIAamp_fast”
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68 . : “QIAamp_fast”
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70 . : “QIAamp_fast”
71 . : “QIAamp_fast”
72 . : “QIAamp_fast”
73 . : “QIAamp_fast”
74 . : “QIAamp_fast”

treatment

Template definition

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Errors

23 . : “antineoplastic”
28 . : “antineoplastic”
31 . : “antineoplastic”
43 . : “antineoplastic”
68 . : “antineoplastic”

PetersBA_2019_metadata.tsv

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QinJ_2012_metadata.tsv

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SankaranarayananK_2015_metadata.tsv

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SpencerCN_2021_metadata.tsv

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Column name errors

• “previous_therapy” is not defined in the template.

• “PFS03” is not defined in the template.

• “PFS06” is not defined in the template.

Entry errors

treatment

Template definition

• col.class: character
  
• uniqueness: non-unique
  
• requiredness: optional
  
• multiplevalues: TRUE
  
• allowedvalues: no|antihta|5-ASA|acarbose|albendazole|amiodaron|antacids|anthelmintics|antiandrogens|antidiab|antihypertension|antilipid|antineoplastics|asa|aspirin|at2_inhib|aza|beta_blockers|ca2_cbl|clopidogrel|CTLA4|ctrblock|cumarine|diuranse|EEN|folate|forceval|glp_1|H2RA|insulin|ipilumumab|iron|kspdiur|lactulose|lantus|laxatives|metformin|methotrexate|modulen_suppl|nivolumab|novorapid|NSAID|opioids|PD1|pembrolizumab|PPI|probiotic|psychotropics|sitagliptin|solostar|statin|statins|steroids|su|sulphonylurea|thiazidique|urinaryalkalinizer|xantoxinh

Errors

57 . : “ICB”
121 . : “ICB”
134 . : “ICB”
139 . : “ICB”
142 . : “ICB;antihypertensives”
143 . : “ICB”
144 . : “ICB”
145 . : “antihypertensives”
157 . : “ICB”
166 . : “ICB”

TettAJ_2016_metadata.tsv

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Valles-ColomerM_2023_a_metadata.tsv

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Column name errors

• “zygosity” is not defined in the template.

VatanenT_2016_metadata.tsv

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VilaAV_2018_metadata.tsv

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